高通量高准确赛默飞HRMS1-DIA方案惊艳亮相临床蛋
发表时间:2019-06-15

  原标题:高通量、高准确赛默飞HRMS1-DIA方案惊艳亮相临床蛋白质组学和糖组学学术研讨会!

  5月26日,CNHUPO临床蛋白质组学和糖组学学术研讨会于上海胜利闭幕。此次研讨会,诸多蛋白组学和糖组学专家阐述了组学技术在医学/临床研究中的应用,为未来从研究到临床转化探讨了新的思路,免费一肖中特资料,开拓了更加广阔的应用前景。

  大会由复旦大学陆豪杰教授致开幕词,北京生命科学研究所邵峰院士做了题为“Innate immunity to cytosolic LPS:Pyroptosis and beyond”的报告,明晰了细胞焦亡与传统细胞凋亡的区别,阐述了分子免疫机制:Caspase-4/5/11作为胞内LPS的受体,识别LPS的Lipid A部分,进而发生寡聚化而激活。这些细菌免疫受体活化后,均通过诱导组装炎症小体复合物进而激活膜打孔蛋白GSDMD,诱发细胞焦亡。

  从质谱技术发展历史,到质谱如何帮助蛋白组学研究,再到质谱技术未来向临床发展的展望:以MRM为基础的质谱ELISA技术可以在临床检验中逐步部分取代现有传统ELISA,特别是检验具有群和网络特征的关键蛋白。同时,运用Orbitrap技术的pGlyco 2.0提供给糖蛋白研究者又一有效的定量策略。

  从蛋白质组学应用于临床所面临的问题,到未来蛋白质组学走向临床的前景,秦钧教授通过一些临床研究实例,讲述了如何在实践中逐步克服临床生物样本、检测手段等方面的局限性,描绘了蛋白质组学驱动转化临床的可行性。尤其是恶性肿瘤化疗药物靶点、免疫治疗标志物、治疗响应性标志物等,有望应用于临床伴随诊断。无论是在探索分子病理方面,抑或是实现临床早诊、治疗领域,蛋白质组学都发挥着越来越重要的作用。蛋白质组学驱动的精准医疗时代(Proteomics-driven precision medicine)已经被开启。

  同济大学田志新教授,做了在肝癌、乳腺癌研究中发现N-糖蛋白质标志物的报告,结合ZIC-HILIC富集、同位素二甲基标记、pentaHILIC-nESI-MS/MS(HCD,stepped NCEs)、GPseeker定性、GPseekerQuan定量,对HCC HepG2细胞中差异表达N-糖基化在完整水平上进行大规模位点和结构特异性的分离、鉴定和定量。

  西湖大学的郭天南教授介绍了运用DIA技术结合PCT快速样品前处理技术在临床大队列样本研究中的应用,以及使用Orbitrap技术平台建立人类多个组织蛋白质组学数据库,为DIA和PRM分析提供便利。

  大会报告中赛默飞应用经理周岳,带来HRMS1-DIA技术在临床大样本蛋白质组学分析中的可行性评价:

  经过来自9个国家和地区的11个实验室,连续7天24小时运行,基于HRMS1-DIA工作流表现出长期运行中保持极高的稳定性,在不同仪器及实验室间产生的数据也有极佳的重现性以及提供蛋白质组学准确定量结果。HRMS1-DIA工作流可对精准医学研究中的大队列生物样品进行高通量和深度的蛋白质组定量。

  相对传统DIA的二级碎片离子定量,基于超高分辨一级全扫描的HRMS1-DIA定量蛋白和多肽的数量和准确性都有显著提高(蛋白鉴定数目提高10%,CV10%)

  在HRMS1-DIA工作流正常运行的状态下,全部11个实验室,平均可以鉴定到超过8000个蛋白(1% protein FDR),定量超过6000个蛋白。

  在定量准确性方面,在1小时定量6000个蛋白,50000个肽段的超高通量下,HRMS1-DIA工作流提供93%的定量准确性。

  赛默飞HRMS1-DIA方案对于蛋白质组学的临床转化具有极为广泛的参考价值,超高的稳定性、日间重复性成为临床研究领域用户最值得期待的技术。